Bayern Monachium Po dwóch sesjach szkoleniowych z pierwszą drużyną Ottmar Hitzfeld dał Schweinsteigerowi szansę debiutu. Niemiecki gracz 13 listopada 2002 roku wystąpił w zremisowanym 3:3 pojedynku przeciwko RC Lens w ostatniej kolejce fazy grupowej Ligi Mistrzów i kilka minut po pojawieniu się na boisku zaliczył asystę przy golu Markusa Feulnera. W grudniu Schweinsteiger podpisał z Bayernem pierwszy zawodowy kontrakt. W sezonie 2002/2003 rozegrał czternaście spotkań w Bundeslidze i przyczynił się do wywalczenia przez swój klub mistrzostwa oraz Pucharu Niemiec. W kolejnych ligowych rozgrywkach Schweini brał udział w 26 pojedynkach, a we wrześniowym spotkaniu z VfL Wolfsburg strzelił swojego pierwszego gola dla Bawarczyków.
Nowy trener Bayernu – Felix Magath na początku sezonu 2004/2005 niespodziewanie odesłał niemieckiego gracza do zespołu rezerw. Schweinsteiger szybko powrócił jednak do kadry i pomógł jej w zdobyciu mistrzostwa i krajowego pucharu oraz dotarciu do ćwierćfinału Champions League. W kolejnych sezonach Niemiec także był podstawowym zawodnikiem swojego klubu, a w 2006 i 2008 roku ponownie zdobywał z nim podwójną koronę (mistrzostwo i puchar). 15 sierpnia 2008 roku w meczu przeciwko Hamburgerowi SV Schweinsteiger został autorem pierwszego gola podczas rozgrywek Bundesligi 2008/2009.