Następnie wpisywał się na listę strzelców w dwóch meczach Pucharu Konfederacji – zwycięskim 3:0 z Tunezją oraz wygranym 4:3 przeciwko Meksykowi, który zadecydował o zdobyciu przez Niemców trzeciego miejsca.
W 2006 roku Jürgen Klinsmann powołał gracza Bayernu do 23–osobowej kadry na mistrzostwa świata. Na mundialu tym Niemcy wywalczyli brązowy medal, natomiast sam Schweinsteiger wystąpił we wszystkich spotkaniach, a w wygranym 3:1 pojedynku o trzecie miejsce z Portugalią został autorem dwóch goli.
W czerwcu 2008 roku niemiecki pomocnik razem z reprezentacją prowadzoną już przez Joachima Löwa zdobył srebrny medal mistrzostw Europy. Na turnieju w Austrii i Szwajcarii Schweinsteiger strzelił dwie bramki – w ćwierćfinale z Portugalią i w półfinale z Turcją, natomiast w drugim meczu rundy grupowej przeciwko Chorwacji w 92. minucie został ukarany czerwoną kartką.
W 2010 roku zdobył brązowy medal na Mistrzostwach Świata 2010.
W 2014 zdobył złoty medal na Mistrzostwach Świata 2014.
We wrześniu 2014 selekcjoner reprezentacji Niemiec Joachim Löw mianował go kapitanem zespołu po tym, jak reprezentacyjną karierę zakończył Philipp Lahm.
29 lipca 2016 roku ogłosił zakończenie reprezentacyjnej kariery.