Ich wygląd znamy dzięki antycznym mozaikom, obrazom, przekazom literackim i znalezionym fragmentom, ale szczegóły techniczne budowy znane są tylko w ogólnym zarysie. Budowę organów wodnych nieco innej konstrukcji przypisuje się żyjącemu po Ktesibiosie Heronowi. Rolę klawiszy w jego instrumencie spełniały wyciągane zasuwy.
Niektóre źródła przypisują ulepszenie organów wodnych greckiemu wynalazcy Archimedesowi. Powołują się przy tym na słowa zachwytu teologa Tertuliana przywołane w opracowaniu De poematum cantu et viribus rythmi holenderskiego kolekcjonera rękopisów Izaaka Vossiusa.
Z 228 pochodzą organy wodne odkryte w Aquincum, które były darem kierownika policji miejskiej Gaiusa Juliusa Viatorinusa dla zrzeszenia straży pożarnej. Instrument posiadał 52 piszczałki ustawione w czterech rzędach oraz naciskane klawisze.
Hebrajską nazwą organów wodnych jest magrefa. Organmistrz Antoni Sapalski w swoim opracowaniu powołuje się na autorytet muzykologa Johanna Nikolausa Forkela, wg którego instrumentem grającym w Jerozolimie miały być organy powietrzne. Współcześni badacze podważają podobne opisy i wynikające z nich informacje o obecności organów wodnych na terenach starożytnego Izraela, powołując się przy tym m.in.