Konstrukcja organów wczesnego średniowiecza bazowała na pierwotnej z IV wieku. Napędzane siłą ludzkich mięśni miechy nie posiadały stabilizatora ciśnienia – powodowało to niekontrolowane przez organistę nabrzmiewanie i zamieranie dźwięku. Klawisze nie były naciskane, a przesuwane. Były poziomo umocowaną, drewnianą listwą, której część tylna zasłaniała wloty kilku piszczałek, a część przednia nieco wystawała poza ściany obudowy. Włączanie i wyłączanie piszczałek odbywało się przez pociąganie i wpychanie klawiszy, również z wykorzystaniem pięści i łokci. Jedynie nieliczne instrumenty dysponowały klawiaturą z automatycznym powrotem klawisza. Piszczałki miały jednolitą konstrukcję i średnicę; rzemieślnicy nie znali jeszcze podziałów na głosy i zróżnicowania menzuracji. Jeden przycisk klawiatury uruchamiał miksturę – liczący czasami 20 piszczałek chór, których oktawy wzmacniały dźwięk, a tercje i kwinty przydawały cech akordu.
Pełne i późne średniowiecze thumb|Święta Cecylia, patronka muzyki kościelnej, grająca na portatywie (1501) thumb|Najstarsze grywalne organy na świecie, zbudowane około 1435 w Bazylice Valère w Sionie, w Szwajcarii XI, XII i XIII wiek nie wniosły istotnego postępu w historii rozwoju organów.