Przybyły z udanej wyprawy do Wielkopolski Jan Henryk Dąbrowski zaproponował, by w ogóle porzucić Warszawę i przenieść się za Bzurę, na obszar zaboru pruskiego, gdzie wojska polskie mogłyby się rozłożyć na leże zimowe. Wydłużyłoby to powstanie i jednocześnie sprawiłoby wiele kłopotów drugiemu z zaborców – Prusom. Ponadto posunięcie takie znacznie wydłużyłoby linie komunikacyjne wojsk rosyjskich.
Całkowicie odmienne zdanie miał Ignacy Potocki, który optował za stoczeniem walnej bitwy na przedpolach Pragi.
Ostatecznie zdecydowano bronić Pragi, a naczelne dowództwo powierzono Józefowi Zajączkowi. Przystąpiono do sypania szańców, które ze względu na wykorzystanie powszechnego w tym rejonie piasku nie stanowiły mocnego oparcia dla działań obronnych. Sprawę pogorszyło ponadto złe rozplanowanie fortyfikacji, które były przesadnie rozciągnięte. Słabej jakości umocnienia obsadziły wojska litewskie w sile 13 600 żołnierzy i 43 baterie mające łącznie 104 działa. Były to wojska słabo wyszkolone i zaopatrzone, a do tego zdemoralizowane ciągłym odwrotem z Litwy. W tym czasie najlepsze jednostki stały nad Bzurą, by obserwować Prusaków.
Idący w kierunku Pragi Suworow 26 października rozbił pod Kobyłką straż tylną cofającego się z Litwy generała Stanisława Mokronowskiego.