Na południowej ścianie synagogi zachowało się dawne, główne wejście, które ujęte jest w kamienny portal, zwany fortecznym.

Wnętrze synagogi Izaaka prawie nie różni się od współcześnie budowanych kościołów krakowskich czy sieni domów mieszczańskich, a dekoracja stiukowa wykazuje silne związki ze stiukami kościołów, klasztorów czy domów krakowskich.

Legendy Z synagogą związane są dwie legendy: Pierwsza mówi, że gdy w 1644 otwarto synagogę, wiele ludzi przychodziło podziwiać jej piękno, a pewnej grupce rabusiów przyszło do głowy, by ją obrabować. O tych planach doniesiono Izaakowi Jakubowiczowi, który w tej sprawie poradził się rabina Jom Tow Hellera. Ten doradził, aby zamknąć bramę Miasta Żydowskiego i bramy domów, a zostawić otwartą jedynie tę, która prowadzi przez cmentarz Remuh. Następnie nakazał ubrać 26 Żydów w białe szaty oraz wyposażyć ich w kije, a gdy od strony cmentarza pojawili się złodzieje – zobaczyli idących ku nim powstałych z grobów zmarłych. Tak się mocno przestraszyli i uciekli, że już nikt nigdy nie próbował obrabować synagogi Izaaka. Druga mówi, że Izaak Jakubowicz żył pierwotnie bardzo biednie i skromnie. Pewnej nocy we śnie tajemniczy głos nakazał mu wyruszyć po zakopany pod kamiennym mostem w czeskiej Pradze wielki skarb.