Między budowniczym a fundatorem powstał konflikt, który został zakończony ugodą zawartą w 1558, w myśli której strony umorzyły wzajemne pozwy, a budowniczy miał dokończyć prace wykończeniowe.
XIX w. Znaczące zmiany w konstrukcji przyniosła w latach 1829–1830 przebudowa kierowana przez architekta Augusta Pluszyńskiego. Podwyższono wówczas, pierwotnie obniżoną w stosunku do ulicy, główną salę modlitewną oraz nakryto ją nowym, drewnianym sklepieniem kolebkowym w miejsce dawnego, murowanego. Na miejscu drewnianych przybudówek od strony północnej postawiono murowane konstrukcje, dobudowano także babiniec od strony zachodniej, połączony z salą główną dwiema prostokątnymi arkadami. Pierwotnie sala ta prawdopodobnie znajdowała się nad przedsionkiem od strony północnej. Półkoliste okna znalazły się również na wschodniej i zachodniej ścianie budynku. W 1882 ponownie przeprowadzono remont i wprowadzono zmiany architektoniczne. Przy elewacji północnej usunięto schodki i ganki wiodące na piętro, a także wbudowano metalowe schodki we wnętrzu przybudówki po północnej stronie synagogi. Taki kształt synagoga zachowała do dziś.