Na początku lat 90. XX w. World Monuments Fund z Nowego Jorku wpisał synagogę na listę Programu Dziedzictwa Żydowskiego w Europie Środkowej i Wschodniej. W 1994 roku z inicjatywy World Monuments Fund rozpoczęto gruntowny remont synagogi, na który organizacja przeznaczyła milion dolarów. Całość podzielono na cztery etapy.
W pierwszej fazie prac przeprowadzono badania archiwalne i opracowano dokumentację zachowanego stanu budynku, które sfinansował Społeczny Komitet Odnowy Zabytków KrakowaWyremontowana synagoga Tempel w Krakowie.. W lecie 1995 roku ukończono odnawianie elewacji zewnętrznych, fasady głównej, ogrodzenia oraz zamontowano metalowe drzwi. W tym samym roku synagoga w ramach programu RAPHAEL otrzymała na dalszą renowację 48 270 euro.
W 1996 roku rozpoczęto renowację wnętrza synagogi, której podjęła się firma Rachtan Art Restauro. Przy odnawianiu i konserwowaniu cennych polichromii i sztukaterii pomagały przedwojenne przekazy ikonograficzne wnętrza. Ze środków SKOZK odnowiono galerie dla kobiet i sufit.