Silnik Motocykl został wyposażony w silnik dwusuwowy o pojemności 125 cm³, chłodzony cieczą, z układem dolotowym wyposażonym w zawór membranowy, układem wydechowym z zaworem wydechowym RC-Valve (zmieniającym czas otwarcia okna wydechowego silnika dwusuwowego) i skrzynią biegów o 6 przełożeniach. Silnik ma oznaczenie JC20E (również w nadwoziu JC22). Jest to silnik niezawodny. Dużą zaletą jest dostępność części. Moc silnika wynosi 28,5 koni mechanicznych w wersji w pełni odblokowanej. W zależności od przepisów w krajach docelowych, stosowano blokady mocy na różnym poziomie, lub ograniczenie prędkości.
Oznaczenia W zależności od kraju odbiorcy, numer VIN był inny ponieważ produkowano kilka wersji różniące się głównie osprzętem silnika dostosowanym do prawa różnych krajów (symbole A, B, C, D, E od roku 1998).
JC20 – oznaczenie fabryczne modelu NSR 125 produkowanego w latach 1988 – 1993.
JC22 – oznaczenie fabryczne modelu NSR 125 produkowanego w latach 1993 – 2002.
Osiągi Wersja w pełni odblokowana:
Prędkość maksymalna: 160km/h
Przyspieszenie 0 do 100km/h: 7 sekund.
Wersja zablokowana:
Prędkość maksymalna: 120km/h
Przyspieszenie 0 do 100km/h: 9-12 sekund.