Źródło i górny bieg Obszar źródliskowy Kaczej znajduje się we wsi Bojano nieopodal osiedla Czarna Góra. Rzeka wypływa z mokradeł rozpościerających się na wysokości 157 do 190 m n.p.m. Jedna jej odnoga, na zachód od Bojana, wypływa z zalewu, powstałego w wyniku spiętrzenia wypływającej ze źródła wody, która wpada następnie do głębiej położonego koryta rzeczki. Tam również doprowadzana jest woda drenami i spływem grawitacyjnym z okolicznych terenów. W odległości 700 m od tego źródła na północ znajduje swój początek druga odnoga rzeczki, która przepływa przez osiedle Czarna Góra (Bojano) i kieruje się na wschód, aby połączyć się w jeden wspólny ciek, który od tego miejsca płynie w kierunku Zatoki Gdańskiej.
Dalszy bieg Rzeka już po chwili wpływa do Gdyni, do dzielnicy Wiczlino. Przepływając przez wiczlińskie pola, rzeka wpływa do Dąbrowy, gdzie jako niewielki jeszcze strumyk, przepływając pod ulicą Wiczlińską, zmierza w kierunku lasu. W lesie przepływa pod Obwodnicą Trójmiasta, torami kolejowymi na Kościerzynę i wpływa na teren rezerwatu leśnego Kacze Łęgi. Następnie płynie przez ogródki działkowe w Małym Kacku, przepływa pod torami kolejowymi, Aleją Zwycięstwa i wzdłuż ulicy Spacerowej zbliża się do ujścia.