Losy jednak, przeciwnie, nie pozwoliły nam tego planu przeprowadzić.”
Druga wyprawa do zachodniej Afryki (1887–1890) Na początku 1887 roku Leopold Janikowski popłynął po raz drugi do Afryki, tym razem aby osiąść w pobliżu Gór Krystalicznych pośród plemienia Mpangue (Fan). W grudniu 1889 roku powrócił do Warszawy w związku z aneksją Kamerunu przez marynarkę niemiecką. Z drugiej wyprawy Janikowski przywiózł 1300 różnych eksponatów.
Muzeum Etnograficzne Kolekcja ta była wystawiana na utworzonej przez niego Wystawie Etnograficznej. W 1902 roku została przekazana Muzeum Przemysłu i Rolnictwa w Warszawie. Czasopismo Ethnologia Polona opisało ją jako najcenniejsze przedmioty z Afryki w muzeum.
W latach 1900–1932 Janikowski był kolejno sekretarzem, wicedyrektorem, p.o. dyrektora oraz dyrektorem administracyjnym tegoż muzeum.
We wrześniu 1939 roku budynek muzeum uległ całkowitemu zniszczeniu przez bombardowania i pożar. Jedyne eksponaty, które przetrwały, znikły w kolejnych latach wojny – w ten sposób nie pozostało nic z ponad pięćdziesięcioletniej przedwojennej historii muzeumPaństwowe Muzeum Etnograficzne - O nas [dostęp 2016-07-31]..