W drodze do Kilonii w wyniku ataku torpedowego wykonanego przez brytyjski okręt podwodny 11 kwietnia 1940, stracił dwie śruby, a jego rufa uległa poważnemu uszkodzeniu. Odholowany do stoczni, przez pół roku był remontowany, a następnie przeszedł do norweskiego fiordu Trondheim. mały|lewo|„Lützow” 14 kwietnia 1940 w Kilonii, po uszkodzeniu przez torpedę 13 czerwca 1941 dosięgnęła go torpeda zrzucona przez samolot brytyjski. Poważne uszkodzenia kadłuba unieruchomiły okręt na następny rok. 31 grudnia 1942 atakował koło Wyspy Niedźwiedziej podczas bitwy na morzu Barentsa konwój JW 51B. Mimo znacznej przewagi ogniowej, niemieckie okręty nie zdołały zatopić żadnego transportowca, a w dodatku straciły jeden z niszczycieli.
„Lützow” skierowany został na Bałtyk, służył jako okręt szkolny do końca 1944. 8 lutego 1945 wspierał swoją artylerią obrońców Fromborka, a od 23 marca ostrzeliwał sowieckie wojska nacierające na Gdańsk i Gdynię. W nocy z 4 na 5 kwietnia wraz z innymi okrętami wziął udział w osłonie operacji „Walpurgisnacht”, w której przetransportowano z Kępy Oksywskiej na Hel ok. 35 000 uciekinierów i żołnierzy. 16 kwietnia 1945 w Kanale Piastowskim w Świnoujściu został poważnie uszkodzony podczas nalotu 617 dywizjonu RAF i osiadł na mieliźnie. 4 maja 1945 został zniszczony przez Niemców.