z eksperymentalnymi grupami Free Spirit i Everything is Everything (jego niespotykane dotąd na koncertach rockowych 20-minutowe solo na saksofonie rozpoczynało wówczas wiele koncertów).
Za namową Ornette’a Colemana motyw jednej z tubylczych pieśni Pepper wykorzystał w utworze „Witchi Tai To”, który jako pierwszy trafił tak na jazzowe, jak i na popularne listy przebojów w USA, i był później grany przez wielu artystów (np. przez Joy Harjo, poetkę i artystkę jazzową z plemienia Krików Muscogee). Jego pierwszym albumem był Pepper’s Pow Wow (Atlantic Records) z 1971 roku (z udziałem jego ojca Gila), a pod tym samym tytułem nakręcono później film dokumentalny o muzyku. Rozczarowany chłodnym początkowo przyjęciem albumu w 1971 opuścił Nowy Jork na 11 lat.
Na albumie Comin’ and Goin''' z 1983 roku, na którym Pepper grał na saksofonie i śpiewał, wystąpili tak znani muzycy, jak Don Cherry i Colin Walcott.