Struktura organizacyjna PAP składała się z okręgów i rejonów (w Toruniu – dzielnic), które odpowiadały skadrowanym batalionom. W razie wybuchu powstania każdy batalion powinien rozwinąć się do 4–5 kompanii, każda po 4 plutony, a te po czteroosobowe 4 sekcje. Sieć terytorialna dzieliła się na regiony, zwane również okręgami: Toruń (batalion Toruń-Południe sierżanta Bolesława Bojanowskiego, batalion Toruń-Mokre podporucznika Bolesława Świgonia, batalion Chełmińskie Przedmieście sierżanta Stefana Letkiewicza ps. „Lech”, batalion Jakubskie Przedmieście Stanisława Bieńkowskiego, batalion Bydgoskie Przedmieście Edwarda Kalinowskiego. Okręg Toruń był pierwszym okręgiem PAP; Gdańsk, działający na bazie Kolejowego Przysposobienia Wojskowego z Tczewa i Gdańska – komendant: Alfons Lendzion, Helmut Rykalski ps. „Robak” (od lata 1943 batalion Gdańsk Bernarda Mizerskiego ps. „Murat”, Gdynia – komendant: Piotr Hulewicz ps. „Jastrząb”, Chełmno – komendant: Stefan Klementowski, Chełmża; Grudziądz; Inowrocław – komendanci: prawdopodobnie Paszotta, od jesieni 1943 roku Michał Kwiatkowski, Kościerzyna – komendant: Stanisław Lesikowski ps.