Organizacja prowadziła także walkę partyzancką; pod jej zwierzchnictwem działało co najmniej 5 oddziałów zbrojnych: oddział „Jastrzębie” (dowódca porucznik Piotr Hulewicz ps. „Jastrząb”) – działał w rejonie Gdyni, liczył kilkadziesiąt osób z zapleczem wynoszącym około 300 ludzi, ostatecznie przeszedł do Armii Krajowej; oddział Stanisława Miszkiera ps. „Kacke” – operował w rejonie Kościerzyny, liczył około 20 partyzantów, rozbity przez Niemców 23 sierpnia 1943; oddział podporucznika Jana Szalewskiego ps. „Sobol”, „Szpak” – przeszedł z TOW „Gryf Pomorski”, po rozbiciu komendy PAP podporządkował się Armii Krajowej, oddział porucznika Józefa Kiżewskiego ps. „Karafa” – liczył około 10 ludzi, działał w oparciu o zespół schronów w rejonie jezioro Bobrówek-leśniczówka Cisowa Góra-Markocin, tzw. oddział bierny, dowodzony przez Pawła Klugowskiego – liczył kilkunastu ludzi, działał w rejonie Torunia.