Do składnicy konserwatorskiej w Oliwie przewieziono te elementy wystroju stałego, które ocalały: boazerie, futryny i skrzydła drzwi, wyłożenia nisz ściennych i narożnych, supraporty, szpalety okienne oraz trzy piece kaflowe.
W 1946 roku podjęto decyzję o odbudowie budynku frontowego Domu Uphagena (znalazł się w pierwszym kwartale Głównego Miasta objętym odbudową, wyznaczonym przez ulice Długą, Pocztową, Ogarną i Garbary) z zachowaniem dawnej dyspozycji wnętrz, zdecydowano natomiast o tym, by nie odbudowywać oficyn, a ich ruiny usunięto. W latach 1949–1953 przeprowadzono prace projektowe i budowlane. Fasada (bez skrzydła bocznego i oficyn) została starannie zrekonstruowana jesienią 1953 roku, z wykorzystaniem zachowanych fragmentów murów. Budynek przy ulicy Ogarnej 125, należący niegdyś do Uphagenów i połączony z domem przy Długiej 12, odbudowano natomiast jako dom wielorodzinny.