W 1966 obronił pracę habilitacyjną pt. Klasa robotnicza Warszawy. Studium składu i struktury społecznej. Wkrótce potem został kierownikiem Pracowni Badania Dziejów Warszawy, którą kierował społecznie. Reprezentując w łonie PZPR nurt pepesowski był stale narażany na konflikty. Znalazło to wyraz w 1966 w głośniej naradzie Wydziału Nauki KC we Wrześni, na której został ostro zaatakowany za zorganizowanie w IH PAN dyskusji o etyce historyka. Na konferencji przypomniano obowiązki moralne historyka, który szukając prawdy historii nie może być uzależniony od jakichkolwiek skrępowań ideologicznych, politycznych i administracyjnych.
W 1972 r. objął stanowisko profesora nadzwyczajnego, po opublikowaniu serii studiów o dziejach Warszawy i jej syntezyBibliografia prac Profesora Mariana Marka Drozdowskiego za lata 1956–2001, Warszawa 2001, s. 17–19..