thumb|upright|Marian Marek Drozdowski, lata 60. Od 1964 do 1968 r. był bliskim współpracownikiem Tadeusza Szturm de Sztrema (aż do jego śmierci), organizatora tajnych spotkań niezależnych socjalistów. W latach 1966 do 1968, pełnił z wyboru funkcję sekretarza Podstawowej Organizacji Partyjnej Instytutu Historii PAN, z której został zwolniony w kwietniu 1968Spętana akademia, Polska Akademia Nauk w dokumentach władz PRL. Materiały partyjne 1950-1986, t. II, wybór, wstęp i opracowanie Patryk Pleskot, Tadeusz Paweł Rutkowski, Warszawa 2012, s. 718.. Wkrótce potem przejął obowiązki wicedyrektora Instytutu i kierownika Pracowni Badania Dziejów Warszawy IH PAN. Nominacja ta nie spowodowała zmiany jego kontestującej postawy politycznej. W tymże roku cenzura wydawnicza „Książki i Wiedzy” wstrzymała druk jego pracy pt. Szkice z dziejów II Rzeczypospolitej, zawierającej pozytywną ocenę dorobku Polski Niepodległej lat 1918–1939.
Na łamach „Trybuny Ludu” został zaatakowany za dyskusję, zorganizowaną na łamach „Miesięcznika Literackiego” z okazji 50. rocznicy odzyskania niepodległości. Nowi redaktorzy PWN ostro skrytykowali go za umieszczenie na łamach „Studiów Warszawskich” wspomnień Idy Kamińskiej i jej małżonka o dziejach Teatru Żydowskiego w Warszawie.