W wystosowanym liście z 17 czerwca 1937 poinformował o tym przewodniczącego wydziału wykonawczego Naczelnego Komitetu Uczczenia Pamięci Marszałka Józefa Piłsudskiego gen. Bolesława Wieniawę-Długoszowskiego, który dowiedziawszy się o tym, wystąpił przeciw decyzji arcybiskupa. Tak samo postąpił Naczelny Komitet Uczczenia Pamięci Marszałka Józefa Piłsudskiego oraz prezydent Ignacy Mościcki. Ze względu na trwający konflikt wawelski Felicjan Sławoj Składkowski demonstracyjnie złożył dymisję swojego rządu, która nie została jednak przyjęta przez Prezydenta RP Ignacego Mościckiego.
W przeniesieniu trumny marszałka w nocy z 23/24 czerwca 1937 uczestniczył proboszcz katedry wawelskiej, ks. kan. Stanisław Domasik, który podpisał stosowny protokół.
Rozpoczął się konflikt wawelski, który objął swoim zasięgiem władze państwowe i kościelne, Stolicę Apostolską, radio, prasę, instytucje państwowe, organizacje katolickie i zawodowe. Oskarżano abpa Sapiehę o naruszenie kultu marszałka i obrazę prezydenta. Żądano zmiany konkordatu, oddania katedry wawelskiej we władanie władz państwowych, pozbawienia Sapiehy odznaczeń honorowych, obywatelstwa polskiego i usunięcia z kraju. Pod naciskiem otoczenia arcybiskup zdecydował się wyjaśnić swoje stanowisko i przeprosić prezydenta za niewykonanie jego życzenia.