Oprócz tego dolina ma kilka bocznych odgałęzień. W orograficznie prawych zboczach w kolejności od dołu w górę są to: Gronikowski Żleb, Wodniściak, Kobylarzowy Żleb, w orograficznie lewych zboczach zaś, w kolejności od góry w dół: Mała Świstówka, Wołowy Żleb, Szeroki Żleb, Krowi Żleb.
Przyroda Niemal cała dolina zbudowana jest ze skał osadowych – dolomitów i wapieni. Jedynie szczyt Małołączniaka oraz Twardy Grzbiet przykrywają skały krystaliczne. Wskutek takiego podłoża w dolinie rozwinięte są zjawiska krasowe, m.in. przepływ wód podziemnymi szczelinami, wywierzyska, zanikanie wód i liczne jaskinie. Stały Miętusi Potok pojawia się dopiero przy północnym końcu Wyżniej Miętusiej Równi. Uchodzi do Kościeliskiego Potoku. Boczne dolinki i żleby są przeważnie suche. Do największych jaskiń należą: Jaskinia Mała w Mułowej, Jaskinia Kozia, Ptasia Studnia, Jaskinia Miętusia, Studnia w Kazalnicy. Flora bogata gatunkowo. M.in. stwierdzono tutaj występowanie bardzo rzadkich w Polsce roślin – skalnicy zwisłej i storzana bezlistnego (ostatnio nie potwierdzono jego występowania, na opisanym stanowisku wyginął).