Obserwatorzy podkreślali, że szkoleniowcowi udało się umiejętnie zestawić w kadrze doświadczonych zawodników - Roberto Ayala, Juan Pablo Sorin, Hernán Crespo z piłkarską młodzieżą - Carlos Tévez, Lionel Messi, Maxi Rodriguez. Po porażce z Niemcami na Pekermana spadła fala krytyki. Dziennikarze zarzucali mu, że zamiast młodych Messiego albo Teveza wpuścił na boisko doświadczonego Julio Cruza, który, ich zdaniem, był najsłabszym ogniwem w drużynie. Jednocześnie, przy stanie 1:0 dla Argentyny, zdjął z boiska „mózg” zespołu – Juana Romana Riquelme. Kilka minut później Niemcom udało się wyrównać stan gry i doprowadzić do dogrywki. Pekerman, mimo sprzeciwu Grondony, podał się do dymisji.
30 maja 2007 roku podpisał kontrakt z meksykańskim klubem Deportivo Toluca, ale funkcję trenera klubu pełnił niespełna przez rok.