Według nowych przepisów całością spraw związanych z rozgrywkami zajmować będą się jedynie wydzielone organy Ekstraklasy SA: Departament Logistyki Rozgrywek Komisja Ligi Zgodnie z wytycznymi FIFA do PZPNu należeć będą tylko sprawy związane z sędziowaniem spotkań.
Według nowych przepisów Komisja Ligi może anulować pokazane na boisku kartki bądź odstąpić od wymierzania kary będącej konsekwencją ich otrzymania, jeśli uzna, że zakwestionowana kartka pokazana była niesłusznie.
Poza tym największe zmiany objęły zasady uprawniania zawodników. Począwszy od lipca 2006, każdy z klubów OE będzie mógł zgłaszać do rozgrywek „listę A” kadry obejmującą 25 zawodników, z których min. ośmiu musi posiadać obywatelstwo polskie i co najmniej dwóch musi być wychowankami klubu a kolejnych min. sześciu musi być szkolonych w polskich klubach między 15. a 17. rokiem życia i grać w naszej lidze minimum trzy lata. „Lista A” będzie mogła być uzupełniona jedynie piłkarzami urodzonymi po 1 stycznia 1985 umieszczonymi na tzw.