Wybuch powstania listopadowego przyjął chłodno, przeczuwając jego nieuniknioną klęskę. Podporządkował się jednak dyktaturze gen. Chłopickiego oraz Rządowi Tymczasowemu. Wraz ze swoją dywizją przyjechał do Warszawy. Jak pisze Stefan Artymowski "Generał zaangażował się w podjęte obowiązki, lecz, jak wynika z przytoczonego fragmentu wspomnień, bez wiary w ich sukces. Z jednej strony podejmował się służby dla ratowania Ojczyzny przed „morderstwem”, z drugiej strony podkreślał swój coraz gorszy stan zdrowia. Nie sposób ocenić, na ile stan zdrowia Klickiego był zły"Stefan Artymowski, Generał Stanisław Klicki. Kandydat „słabego zdrowia” na stanowisko naczelnego wodza powstania listopadowego [w:] "Powstanie Listopadowe 1830-1831. Dzieje-historiografia-pamięć", red. T. Skoczek, Warszawa 2015, s. 75.. Po dymisji gen. Chłopickiego przez krótki czas pełnił rolę zastępcy Naczelnego Wodza. 18 grudnia 1830 został członkiem Rady Wojennej. Odmówił proponowanej mu dyktatury. W 1831 pogorszył się jego stan zdrowia. Postanowił za zgodą Rządu Narodowego wyjechać za granicę. Został jednak zatrzymany przez Austriaków na granicy i internowany w Krakowie. Wydany władzom rosyjskim został zesłany do Kostromy. Z kilkuletniej zsyłki wrócił schorowany. Od 1836 leczył się w różnych europejskich kurortach i sanatoriach. Zmarł w Rzymie w 1847 r.