Starania ze strony parafii ewangelickiej w Szczecinie nie przyniosły żadnego rezultatu.
Z kolejną prośbą przekazania kościoła na Łasztowni parafii ewangelickiej wystąpił kaznodzieja ludności niemieckiej w Szczecinie, Paul Gurgel, który ujawnił, że w kaplicy kościoła św. Gertrudy zbierają się na nabożeństwach niemieccy ewangelicy (ponad 500 osób). Parafia niemiecka nie otrzymała jednak zgody na legalne użytkowanie świątyni.
Kościół został przekazany polskiej parafii ewangelickiej w 1959 roku – do tego czasu szczecińscy ewangelicy po roku 1945 korzystali z sali diakonatu „Betania” przy ul. Wawrzyniaka. Po remoncie, 16 października 1960 kościół otrzymał nowe wezwanie – Świętej Trójcy. Na ołtarzu głównym znajduje się umieszczony w neogotyckiej oprawie współczesny obraz „Chrystus w Ogrójcu” H. Ostachiewicza. Neoromańska chrzcielnica przeniesiona została z kaplicy przy ul. Wawrzyniaka w Szczecinie.
W Muzeum Narodowym w Szczecinie eksponowanych jest kilka figur ołtarzowych z pierwszej połowy XVI w., pochodzących z kościoła św. Gertrudy oraz epitafium ze sceną Sądu Ostatecznego z 1661 r z tegoż kościoła.
Przy kościele od 1995 ma siedzibę ewangelicka instytucja charytatywno-socjalna – Centrum Diakonijne im. ks.