Od połowy XVII wieku wzmagała się kolonizacja Ameryk przez inne państwa europejskie: Holandię, Francję i Anglię. Holendrzy przejściowo wyparli Portugalczyków z części wybrzeży brazylijskich (wokół miasta Pernambuco) i stworzyli własną kolonię (Gujana Holenderska). Ostatecznie jednak zadowolili się tylko kilkoma ważnymi punktami strategicznymi i znaczną przewagą w handlu z koloniami hiszpańskimi, którą zdobyli pod koniec XVII wieku.
Znaczącą rolę w kolonizacji Ameryki Południowej i Środkowej, zwłaszcza terytoriów hiszpańskich, odgrywał Kościół katolicki. W Ameryce pojawiali się misjonarze i zakonnicy. Najbardziej prężną działalność prowadzili jezuici na pograniczu dzisiejszego Paragwaju i Argentyny (tzw. redukcje misyjne) oraz franciszkanie w północnym Meksyku, gdzie rozwijali swe misje wśród Indian Pueblo. Wiara katolicka łatwo, choć raczej powierzchownie zakorzeniała się wśród ludności indiańskiej i metyskiej, a później czarnoskórej, przyjmując formę wiary ludowej, w której odbicie znajduje wiele wierzeń i obrzędów zaczerpniętych z pierwotnych kultów ludności czarnoskórej oraz indiańskiej (np. kult huacas). Choć były też obszary, gdzie Indianie byli szczególnie oporni w przyjmowaniu nowej wiary i gdzie dochodziło na tym tle do krwawych walk (np.