To właśnie z Krzysztoforów wypożyczono na Wawel meble w związku z uroczystościami koronacyjnymi Augusta II.
Pałac dosyć często zmieniał swoich właścicieli i lokatorów. Obok już wymienionych byli nimi Radziejowscy; mieszkał tu po abdykacji Jan Kazimierz, a później Michał Korybut Wiśniowiecki. W latach 1775–1782 w pałacu rezydował po powrocie z Kaługi biskup Kajetan Ignacy Sołtyk. Gdy w 1809 r. Kraków został wyzwolony przez wojska polskie pod wodzą księcia Józefa Poniatowskiego, budynek stał się kwaterą sztabu głównego. Szczególnie często właściciele pałacu zmieniali się w XIX w. W latach 1856–1861 na parterze mieściła się drukarnia „Czasu”, a ponadto Antoni Hawełka prowadził tam sklep kolonialny i popularny w Krakowie „interes śniadaniowy”.
W pewnym momencie nad budynkiem zawisło bardzo poważne niebezpieczeństwo. W 1912 r. pałac stał się własnością spółki budowlanej, która postanowiła stary dom rozebrać, aby na jego miejscu wznieść dochodową kamienicę czynszową. Przeciwko temu projektowi ostro zaprotestowała krakowska opinia publiczna z Towarzystwem Opieki nad Polskimi Zabytkami Sztuki i Kultury na czele. Protest okazał się skuteczny i do rozbiórki na szczęście nie doszło. W 1916 r. Krzysztofory zostały odrestaurowane według projektu Wacława Krzyżanowskiego.