Rada Wykonawcza (Zarząd) Rada Wykonawcza składa się z Prezydium oraz jednego Miasta Członkowskiego reprezentującego każdy kraj, w którym ZMB ma Miasta Członkowskie. Kraje nie zasiadające w Prezydium mogą zaproponować dwa Miasta członkowskie do Rady Wykonawczej Sekretariat ZMB Sekretariat ZBM mieści się w Gdańsku od 1991 roku; Sekretarzem Generalnym jest Paweł Żaboklicki
Komisje ZMB W ramach Związku Miast Bałtyckich działa 7 komisji roboczych Komisja Cultural Cities Komisja Inclusive and Healthy Cities Komisja Learning Cities Komisja Planning Cities Komisja Safe Cities Komisja Smart and Prospering Cities Komisja Sustainable Cities Komisja Youthful Cities Każde miasto posiada możliwość aktywnego uczestniczenia w pracach wybranej Komisji poprzez opracowywanie i współrealizację projektów.