Teologia i prawa kobiet Marie utrzymuje ożywioną korespondencję z wybitnymi intelektualistami epoki, m.in. z Małgorzatą, królową Nawarry (matką chrzestną jej córki). Podejmuje też aktywną działalność misyjną, udając się m.in. do klasztorów, gdzie usiłuje nawrócić zakonnice na protestantyzm. Spisuje własne przemyślenia teologiczne (kalwińskie), w których kładzie nacisk na wolę bożą, jako podstawę losu świata i człowieka oraz "słowo boże" jako sposób wyrażania tej woli. Podkreśla rolę łaski jako głównej cechy bożego miłosierdzia.
W 1539 publikuje kolejną książkę, której rozdział pt. Défense pour les femmes (Obrona kobiet) podejmuje nowatorską tematykę: Marie broni prawa kobiet do samodzielnego studiowania i analizowania Biblii, podkreśla (ilustrując to przykładami biblijnymi) ważną rolę kobiet w historii. Opowiada się też za dopuszczeniem kobiet do działalności misyjnej (opierając się na słowach Jezusa, skierowanych do kobiet, które przyszły do jego pustego grobu).
Książka Marie była zbyt nowatorska jak na tamtą epokę i wyraźnie sprzeczna z naukami genewskich pastorów, którzy widzieli kobiety wyłącznie w roli żon i matek.