Biorąc pod uwagę kryteria stosowane przy wyznaczaniu wstępnej alokacji oraz wysokość środków finansowych przeznaczonych na zobowiązania w obecnym okresie programowania alokacja dla Polski, określona w Traktacie Akcesyjnym, waha się w przedziale od 45,65% do 52,72% całości środków. Tak więc średnia alokacja dla Polski w latach 2004–2006 wynosi 4178,6 mln euro. Zgodnie z Rozporządzeniem Rady 1164/94/WE przyznane Polsce środki Funduszu Spójności będą w równym stopniu wspierać obydwa obszary priorytetowe: środowisko i transport.

Od dnia 1 stycznia 2004 r. do otrzymywania wsparcia z Funduszu Spójności przestała się kwalifikować Irlandia, natomiast beneficjentami z dniem przystąpienia do Unii Europejskiej stały się Cypr, Czechy, Estonia, Litwa, Łotwa, Malta, Polska, Słowacja, Słowenia i Węgry. W latach 2007–2013 beneficjentami są także Bułgaria i Rumunia, natomiast Hiszpania, która przestała spełniać kryterium odnoszące się do PNB, uzyskuje wsparcie na zasadach przejściowych.