W 1968 przeszedł na emeryturę.

W latach 1968–1971 wiceprzewodniczący, a w latach 1971–1976 przewodniczący Ogólnopolskiego Komitetu Frontu Jedności Narodu. W czerwcu 1968 wszedł w skład Komitetu Honorowego oraz Komitetu Przygotowawczego obchodów 500. rocznicy urodzin Mikołaja Kopernika„Urania”, nr 3, marzec 1969, s. 84–85.. Od 1971 był także członkiem Obywatelskiego Komitetu Odbudowy Zamku Królewskiego w Warszawie„Biuletyn Zamek”, nr 17a, 19 czerwca 1971, s. 4.. W latach 1972–1976 bezpartyjny poseł na Sejm PRL VI kadencji i zastępca przewodniczącego Rady Państwa. W latach 1974–1979 członek Rady Naczelnej Związku Bojowników o Wolność i Demokrację. W lutym 1976 zrezygnował z kierowania Frontem Jedności Narodu oraz ze wszystkich funkcji państwowych w proteście wobec zmian w konstytucji, ustanawiających wiodącą rolę Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej i sojusz ze Związkiem Radzieckim.

W 1922 Janusz Groszkowski zawarł związek małżeński z Marią Komicz, a 4 lata później przyszła na świat ich jedyna córka Krystyna.

Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 100-II-12/13).