Jezuici oficjalnie otworzyli kolegium reszelskie 3 grudnia 1632 r., a kościół przeznaczony został dla uczącej się młodzieży.

W kościele pochowany został Stefan Sadorski (zmarł 2 lipca 1640 r.), oraz Otto von der Groeben, przedstawiciel znanego rodu von der Groeben.

Po pożarze kościół został odbudowany i konsekrowany 3 października 1673 r. przez biskupa kijowskiego i prepozyta warmińskiego Tomasza Ujejskiego.

Ze względu na pęknięcia w 1798 r. kościół rozebrano.

Pod wezwaniem św. Krzyża W latach 1799–1800 wybudowano nowy, według projektu Joachima Sadrozińskiego. Kościół został powiększony – ściana w części wschodniej posadowiona została na murze miejskim. W części południowo-wschodniej ściany kościoła zachował się fragment muru gotyckiego z zarysem portalu łączącego go niegdyś z klasztorem.