W Muzeum prezentowane są także wystawy z innych muzeów krajowych i zagranicznych. Ostatnią z nich była budząca zainteresowanie ekspozycja Pompeje. Życie i śmierć w cieniu Wezuwiusza, na której zaprezentowanych zostało m.in. 114 oryginalnych eksponatów z Muzeum Archeologicznego w Neapolu. Wystawa otrzymała tytuł „Najważniejszej Wystawy 2019”, w rankingu Archeologicznych Sensacji 2019 kwartalnika Archeologia Żywa.
Status prawny Muzeum Muzeum działa w oparciu o ustawę o muzeachUstawa z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach ()., ustawę o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnejUstawa z dnia 25 października 1991 r. o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej ()., ustawę o finansach publicznychUstawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych ()., ustawę o ochronie zabytkówUstawa z dnia 23 lipca 2003 r. o ochronie zabytków i opiece nad zabytkami (). oraz statut Muzeum Archeologicznego w Krakowie nadany Uchwałą nr 438/08 Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 29 maja 2008 roku. Zgodnie ze statutem Muzeum jest samorządową instytucją kultury wyodrębnioną pod względem prawnym i ekonomiczno-finansowym, której organizatorem jest Województwo Małopolskie.