Samoloty te musiały zostać szybko przezbrojone i zatankowane, co przy zatłoczeniu okrętu powodowało olbrzymie ryzyko dla bezpieczeństwa jednostki, uniemożliwiało też prowadzenie operacji lotniczych. Toteż w celu uwolnienia pokładu i umożliwienia startów, samoloty uszkodzone zaczęły być zrzucane do morza. Tymczasem „Enterprise” został zaatakowany przez drugą grupę 25 bombowców nurkujących, i pomimo zestrzelenia kilku z nich, jedna z bomb trafiła w dziobowej części backburty, bomba zaś z drugiego samolotu spadła tuż za przednią windą okrętu i przebijając pokład startowy rozpadła się na dwie części. Pierwsza z nich eksplodowała na pokładzie hangarowym, druga zaś przebiła się aż do trzeciego pokładu i eksplodując tam zabiła 34 ludzi. Kilka sekund później trzecia bomba eksplodowała tuż obok okrętu, wywołując uszkodzenie poszycia kadłuba na długości 15 metrów poniżej linii wodnej i naruszając zbiorniki paliwa na sterburcie. CV-6 nie utracił co prawda napędu, jednak uszkodzenie zbiorników spowodowało, że okręt pozostawiał wyraźny ślad oleju, ułatwiający siłom japońskim śledzenie go. Uszkodzony Enterprise został następnie zaatakowany przez 16 samolotów torpedowych „Kate”, które wykonywały manewry celem zastosowania klasycznej taktyki młotka i kowadła – jednoczesnego ataku z trzech stron.