8 grudnia 1939 przybył do Lwowa po żonę Barbarę i córkę Hannę, które schroniły się w tym mieście po wybuchu II wojny światowej. Nie podjął pracy w okupowanym Lwowie i zdecydował się na nielegalny powrót do Warszawy przez „zieloną granicę” wraz z żoną i córką. Doszło do tego w sylwestrową noc 31 grudnia 1939. 2 stycznia był już w Warszawie.

Od 1940 pracował społecznie w kierowanej przez Stanisława Tołwińskiego Pracowni Architektoniczno-Urbanistycznej przy Warszawskiej Spółdzielni Mieszkaniowej. W Pracowni Planu Ogólnego Wydziału Planowania był zatrudniony był do lata 1942; musiał zrezygnować z uwagi na zaangażowanie w pracę konspiracyjną po objęciu stanowiska Szefa Sztabu Głównego Gwardii Ludowej.

Na początku okupacji działał w środowisku „Biuletynu Radiowego” – grupy komunistycznej złożonej z przedwojennej inteligencjiMaria Turlejska, Prawdy i fikcje, Książka i Wiedza 1968, s. 627.. Pod koniec 1941 roku został członkiem Egzekutywy Centralnej i dowódcą grup bojowych nowo powołanej lewicowej organizacji konspiracyjnej – Związku Walki Wyzwoleńczej. Od 1942 działał w Polskiej Partii Robotniczej;