Był żonaty z Leonillą Siemieńską. Ich córką była dr Małgorzata Longchamps (1950–1989) – specjalista z zakresu prawa administracyjnego i prawa ochrony środowiska, odznaczona Krzyżem Oficerskim Polonia Restituta za udział w Solidarności (2006). Pozostałe dzieci: Bogusław Stéphane (informatyk) i Katarzyna Longchamps de Bérier-Walewska – psychoanalityk, adiunkt na Wydziale Psychologii Uniwersytetu Warszawskiego.
Wnukiem prof. Franciszka Longchamps de Bériera jest ks. prof. Franciszek Longchamps de Bérier – profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego i Warszawskiego.
Zmarł 19 maja 1969 roku we Wrocławiu, tam też został pochowany na Cmentarzu Świętej Rodziny (grób 8666, sektor 17, rząd 15, nr 5). mały|Grób prof. Franciszka Longchamps de Bérier na Cmentarzu Świętej Rodziny we Wrocławiu Publikacje Osobiste świadczenia wojenne, Lwów 1936. Ograniczenia własności w polskim prawie administracyjnym, Lwów 1938, Co każdy obywatel powinien wiedzieć o administracji państwowej, Wrocław 1947, Prawo agrarne, Wrocław 1949, Scalenie Ziem Zachodnich.