W Powstaniu Warszawskim nadal jako szef wywiadu KG AK, wraz z I rzutem Komendy Głównej AK na Woli, Starym Mieście oraz Śródmieściu. 1 października 1944 wyznaczony przez gen. Tadeusza Komorowskiego do prowadzenia rokowań kapitulacyjnych z gen. SS Erichem von dem Bachem w Ożarowie, gdzie 3 października 1944 z ppłk. Zygmuntem Dobrowolskim podpisał układ o zaprzestaniu działań wojennych w Warszawie. Od 5 października 1944 w niewoli niemieckiej, w Langwasser, Oflagu IV C Colditz, Altenmarkt im Pongau. Uwolniony 5 maja 1945.
Od 17 maja 1945 w Londynie. Został wyznaczony na stanowisko oficera sztabowego do zleceń w Gabinecie Naczelnego Wodza. W grudniu 1945 został członkiem Komitetu Organizacyjnego Koła Armii Krajowej, a następnie został członkiem Zarządu Głównego. W latach 1948–1949 był przewodniczącym Zarządu Głównego Koła AK, następnie członkiem i wiceprzewodniczącym Rady Naczelnej Koła AK. Był także od 1954 członkiem emigracyjnej Tymczasowej Rady Jedności Narodowej. W 1947 roku współzałożyciel Studium Polski Podziemnej w Londynie, jednej z najbardziej zasłużonych polskich placówek archiwalno-naukowych.