III Rzeczpospolita thumb|Marcin Król w siedzibie pisma „Res Publica Nowa” (2008) thumb|Grób Marcina Króla na cmentarzu Powązkowskim W 1990 został członkiem prezydenckiego sztabu wyborczego Tadeusza Mazowieckiego. W kolejnych latach pomimo wielu propozycji znalazł się poza czynną polityką, poświęcając się pracy naukowej i publicystycznej.

Do 1992 pozostawał redaktorem naczelnym pisma „Res Publica”, następnie do 2007 był redaktorem naczelnym pisma „Res Publica Nowa”. W 1992 został pracownikiem Uniwersytetu Warszawskiego, w latach 1996–2002 oraz 2005–2012 był dziekanem, a w latach 2002–2005 prodziekanem Wydziału Stosowanych Nauk Społecznych UW, kierował założoną przez siebie w 2003 Katedrą Studiów nad Tradycją i Zmianą Społeczną w XIX i XX wieku (od 2007 pod nazwą Katedra Historii Idei i Antropologii Kulturowej). W 1999 otrzymał tytuł profesora nauk humanistycznych.

Był członkiem Collegium Invisibile, w latach 2009–2020 przewodniczącym rady Fundacji im. Stefana Batorego.

W okresie III RP wydał kilkanaście książek, poświęconych m.in.