Po legalizacji KMP „Dziekania” jako stowarzyszenia w sierpniu 1988 wszedł jeszcze w skład pozastatutowego Konwentu Opiniodawczego.

Po wielomiesięcznych staraniach w czerwcu 1987 rozpoczął wydawanie, tym razem w obiegu oficjalnym, reaktywowanego pisma „Res Publica” (w nakładzie 25 tys. egzemplarzy) i został jego redaktorem naczelnym. Jakkolwiek oznaczało to faktyczne poszerzenie możliwości działania niezależnego od władz, spotkało się z negatywnym odbiorem części opinii publicznej. W listopadzie 1987 uczestniczył w spotkaniu 60 intelektualistów zaproszonych przez Lecha Wałęsę w celu poszukiwania możliwości formowania bardziej demokratycznego ustroju PRL. W czasie tego spotkania opowiedział się przeciwko jednolitemu kierownictwu całej opozycji (pogląd ten okazał się jednak mniejszościowy). Na łamach podziemnego pisma „Wola” we wrześniu 1988 postulował stworzenie Komitetu Ocalenia Ekonomicznego składającego się z fachowców wybranych wspólnie przez władzę i opozycję. W „Tygodniku Powszechnym” zamieścił jesienią 1988 i w styczniu 1989 cykl artykułów poświęconych minimalnym warunkom ugody z władzami PRL, które dotyczyły legalizacji NSZZ „Solidarność”, odpolitycznienia gospodarki, zapewnienia legalnego działania opozycji oraz postulatu prowadzenia jawnej polityki międzynarodowej.