miały wydłużony o 4,5 m kadłub, wyprodukowano 662 egzemplarze DC-9-30, w 2002 roku około 380 wycofano z komercyjnego użycia, przerabiając je na wojskowe samoloty do transportu rannych C-9 Nightingale. VC-9 – specjalna wersja DC-9-30 przeznaczona do transportu VIP-ów służąca w USAF od 1976 roku. DC-9-40 – weszły do służby w skandynawskich liniach lotniczych (Scandinavian Airlines System – SAS) w marcu 1968; miały kadłub jeszcze bardziej wydłużony – o 2 m w stosunku do poprzednich wersji. Kabina mogła pomieścić 125 pasażerów. Wyprodukowano łącznie 71 sztuk tej wersji, z czego 40 miało wymienione silniki na Pratt & Whitney o podniesionej mocy. DC-9-50 – największe z floty DC-9; dzięki kadłubowi wydłużonemu o 2,5 m mogły zabrać 139 pasażerów, do eksploatacji weszły w sierpniu 1975 roku.
W 1983 r., na bazie DC-9 Super 80 powstał McDonnell Douglas MD-80.
Wojskowi operatorzy DC-9 Włochy, Kuwejt, Stany Zjednoczone (Air Force, Marine Corps, Navy).
Niektórzy cywilni operatorzy DC-9 DHL, Northwest, USA jet, Aero california, Aeropostal, Aserca, Dinar Lineas Aeras, 1 time, Legend airlines, TWA, Olympia Aviation, UM Air, Iberia, Ameristar Air Cargo, AMC Airlines (Egypt).