Część biorących udział w wielkiej ucieczce jeńców z obozu Stalag Luft III pociągami odjeżdżającymi z żagańskiego dworca kontynuowała ucieczkę.
W dniu 27 lipca 1945 przybył pierwszy na Ziemiach Odzyskanych polski pociąg osobowy z dworca Wrocław Główny przewożąc kolejarzy, których zadaniem było utworzenie tu poddyrekcji PKP i przejęcie służby i kolei od władz radzieckich (poddyrekcja PKP funkcjonowała od 20 sierpnia do 17 września 1945). W latach 1945–1947 z żagańskiego dworca wyruszały pociągi na wschód z kolejnymi transportami niemieckich jeńców – byłych żołnierzy frontowych Wehrmachtu, oddziałów SS oraz funkcyjnych partyjnych struktur NSDAP. Do 1958 roku stacja kolejowa w Żaganiu podlegała Dyrekcji Okręgowej Kolei Państwowej we Wrocławiu, później – w Poznaniu. W czerwcu 1971 na tutejszy dworzec przyjechała pierwsza lokomotywa spalinowa. 31 maja 1991 odbył się ostatni kurs pociągu prowadzonego lokomotywą parową. 1 września 1991 powstała Stacja Rejonowa z siedzibą w Żaganiu.