Początkowo stanowiska kierownicze piastowali w niej działacze, którzy objęli je za prezydentury as-Sadata, jednak przed wyborami parlamentarnymi w maju 1984 Mubarak wymienił kierownictwo partii, usuwając osoby zbyt blisko związane z nieżyjącą głową państwa. Ważnymi jego doradcami byli także oficerowie., spośród których największą rolę odgrywali Abd al-Halim Abu Ghazala oraz Usama al-Baz. Mubarak zachował styl rządzenia swojego poprzednika i podstawowe założenia polityki wewnętrznej i zagranicznej..
Bezpośrednio po objęciu władzy Mubarak zniszczył organizacje radykalnych muzułmanów, odpowiedzialnych za zamordowanie jego poprzednika i nawołujących w poprzednich latach do przebudowy całego systemu państwowego w duchu islamskim. We wrześniu 1984 przeprowadzony został proces 174 członków i sympatyków grup Dżihad oraz Wspólnota Islamska, zapadło w nich 16 wyroków dożywotnich robót przymusowych, inni podsądni otrzymali kary więzienia. Mubarak zachował w mocy stan wyjątkowy ogłoszony po zamordowaniu Sadata. Po zdławieniu opozycji ze strony islamskich radykałów przyjął kurs bardziej liberalny, nawiązujący do działań poprzednika. Dopuścił druk prasy opozycyjnej. Był zdania, że liberalizacja życia politycznego w państwie będzie mieć pozytywny wpływ na gospodarkę i ułatwi mu kontrolowanie społecznych nastrojów.