Krzysztof Kowalczyk (ur. 11 marca 1979 w Olsztynie) – polski piłkarz występujący na pozycji pomocnika.
Kariera Krzysztof Kowalczyk swoją karierę rozpoczął w Stomilu Olsztyn. W jego barwach pod koniec maja 1997 roku zadebiutował w pierwszej lidze w przegranym 1:3 spotkaniu z Odrą Wodzisław Śląski. W sezonie 1999/2000 reprezentował barwy Jezioraka Iława. Pod spadku Jeziorowców do trzeciej ligi powrócił do Stomilu i stał się w nim podstawowym zawodnikiem. W maju 2001 roku strzelił pierwszego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej w Polsce w wygranym 2:1 spotkaniu z Legią Warszawa. Jego klub w sezonie 2000/2001 uplasował się w tabeli na 14. miejscu oznaczającym grę w barażach. W nich Stomil spotkał się z Górnikiem Polkowice z którym wygrał po serii rzutów karnych.
W przerwie zimowej sezonu 2001/2002 Kowalczyk przeniósł się do Amiki Wronki. Zadebiutował w niej wchodząc w 90 minucie ligowego meczu z Ruchem Chorzów. Z nowym klubem dotarł do finału Pucharu Polski. W nim Amica zmierzyła się z Wisłą Kraków. W dwumeczu uległa kolejno 2:4 i 4:0. W kolejnych rozgrywkach Kowalczyk w rundzie jesiennej grał sporadycznie, jednak wiosną już częściej pojawiał się na boisku. W październiku 2002 roku zadebiutował w europejskich pucharach – zagrał w końcówce meczu Pucharu UEFA z Servette FC.