Wieś była obsadzona na 70 włókach, w tym 7 włók dla sołtysa oraz 4 włóki dla proboszcza. Pierwszym sołtysem wsi był Tyle Lewe. Osadnicy zwolnieni byli przez okres 15 lat od podatku. Obowiązujący czynsz od włóki wynosił pół grzywny oraz po ćwierć szefla pszenicy i żyta. Obowiązywała także dziesięcina na rzecz kościoła. W roku 1437 podatek z Nakomiad wynosił 33,5 grzywny, w tym po 3 grzywny z dwóch karczem. Zakon krzyżacki miał monopol na przemiał zbóż. Mieszkańcy Nakomiad mieli młyn wodny od strony Salpiku. Za usługę przemielenia zboża płaciło się w naturze 20% ilości dostarczonego do młyna zboża. Młyn był przy strumieniu płynącym od Koczarek, obok Nakomiad do Gubra. Funkcjonował jeszcze pod koniec XVIII w. W 1539 roku Nakomiady były zamieszkiwane tylko przez ludność polską. W 1870 roku w parafii stwierdzono 1172 Polaków i 741 Niemców.
W drugiej połowie XIX w. w Nakomiadach było 625 mieszkańców (ewangelików). Były też tu 3 cegielnie. Do Rastemborka dochodziła poczta posłańcowa. W 1910 w Nakomiadach było 670 mieszkańców, w tym 308 na terenie majątku.
W latach 1954–1971 wieś należała i była siedzibą władz gromady Nakomiady, po jej zniesieniu w gromadzie Kętrzyn. W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie olsztyńskim.