"The Lions” nadal nie mogli wrócić do ekstraklasy. McCarthy zrezygnował z gry dla swojej reprezentacji w grudniu 1995 roku. Kennedy został sprzedany do Liverpoolu w marcu 1994 za 2 300 000 funtów, niewiele później Millwall spadło do Division One (w 1992 roku zmieniono nazwę, była to wcześniej Second Divison, a obecne the Championship). Dotychczasowy trener Mick McCarthy został zwolniony, a na jego miejscu pojawił się Jimmy Nichol. Klub znajdował się w rozsypce. Był w bardzo trudnej sytuacji finansowej przez co zainteresował się nim zarząd komisaryczny. W sezonie 96/97 nie udało się awansować i Nichola zastąpił tymczasowo John Doherty, który ustabilizował formę drużyny.
Nowym prezesem został Theo Paphitis, mianując Billy’ego Bondsa nowym menedżerem. Paphitis proponował, by piłkarze Millwall grali w szarych koszulkach, ale wcześniej dyskutował na ten temat z kibicami. Ustalono, że u siebie „Lwy” będą grać w jednolitych, białych strojach, a na wyjeździe ubrani będą na niebiesko. Na koszulkach zaczęło widnieć nowe logo klubu. Przedstawiało ono ryczącego lwa. Jednak zamieszanie z nowymi koszulkami nie wpłynęło dobrze na grę piłkarzy. Millwall nie utrzymało się w lidze. Zmieniono trenera – Bondsa zastąpił popularny Keith „Rhino” Stevens, który mianował Alana McLeary'ego na swojego asystenta.