Życiorys Castaneda twierdził, że urodził się w São Paulo, w Brazylii, w dzień Świąt Bożego Narodzenia 1931 roku. Dokumenty imigracyjne pokazują jednak, że urodził się sześć lat wcześniej w Cajamarca w Peru. Zanglicyzował swoje nazwisko zmieniając „ñ” (w Castañeda) na „n”. Przeprowadził się do USA we wczesnych latach 50. i stał się obywatelem amerykańskim w 1957 roku. Studiował na Uniwersytecie Kalifornijskim w Los Angeles (UCLA) (B.A. 1962; Ph. D. 1970).

Castaneda napisał dwanaście książek i kilkanaście prac akademickich szczegółowo opisujących jego doświadczenia z Indianami Yaqui zamieszkującymi środkowy Meksyk. Jego trzy pierwsze książki, Nauki Don Juana, Odrębna Rzeczywistość i Podróż do Ixtlan napisał będąc studentem antropologii na Uniwersytecie Kalifornijskim. Napisał te książki, traktując je jako dziennik badań opisujący jego terminowanie u tradycyjnego szamana o imieniu don Juan Matus. Castaneda otrzymał tytuły magistra i doktora za prace opisane w tych książkach.