W 1652, jak i inni członkowie bratiji, poparł Nikona jako kandydata na nowego patriarchę Rusi.

Nikon, po otrzymaniu godności patriarchy, zainicjował szereg reform w rosyjskiej liturgii i teologii, mających na celu przywrócenie zgodności z wzorcami prawosławnego obrządku bizantyńskiego. Działania te skłóciły Awwakuma z Nikonem. Wówczas Awwakum, który zerwał także ze środowiskiem bratiji, wcześniejszy głos poparcia dla Nikona uznał za swój życiowy błąd.

Awwakum i jego zwolennicy stanowczo sprzeciwiali się reformom, uważając je za zniekształcenie Cerkwi rosyjskiej, którą uznawali za prawdziwy Kościół Boży. Protopop twierdził, że Konstantynopol wpadł w ręce tureckie z powodu swoich heretyckich wierzeń. Awwakum był więziony, próbowano pozbawić go święceń kapłańskich, został zesłany do Tobolska, Jenisiejska, a następnie wraz z ekspedycją kolonizacyjną Paszkowa do Daurii we wschodniej Syberii.