W latach 1943–1944 wspólnie z Wilamem Horzycą był redaktorem podziemnego pisma „Nurt”.

W 1943, za wiedzą Delegatury Rządu na Kraj, wziął udział w zorganizowanej przez Niemców misji, która badała groby polskich oficerów w Katyniu. Po wojnie był dla władz Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich jednym z najbardziej niewygodnych świadków zbrodni katyńskiej. Został przez komunistyczne władze Polski Ludowej oskarżony o kolaborację z Niemcami. Rozesłano za nim list gończy. Przez rok ukrywał się w jednym z krakowskich klasztorów. Zdecydował się uciec z Polski na jesieni 1945. Z fałszywym paszportem holenderskim na nazwisko Jan Menten przez Czechosłowację i Bawarię dotarł do 2 Korpusu Polskiego we Włoszech. 30 marca 1946 oskarżający go wcześniej prokurator Roman Martini został zamordowany i nikt po nim nie przejął sprawy. Po oczyszczeniu przez specjalną komisję z zarzutów kolaboracji Goetel został oficerem prasowym 2 Korpus Polskiego. W 1946 wyjechał do Londynu. Był członkiem Ligi Niepodległości Polski. Publikował w polskiej prasie emigracyjnej, m.in. w londyńskich „Wiadomościach” i paryskiej „Kulturze”. Walczył piórem o godne miejsce Polski w Europie i ostro polemizował z zachodnimi politykami, którzy pozostawiali ją w sferze wpływów wschodnich.