Krypta pod Wieżą Srebrnych Dzwonów thumb|Krypta Józefa Piłsudskiego thumb|Sarkofag Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego i jego żony Marii thumb|Baldachim nad wyjściem z krypt z kolumnami pochodzącymi z rozebranego prawosławnego soboru św. Aleksandra Newskiego w Warszawie W ostatniej krypcie, zaprojektowanej przez Adolfa Szyszko-Bohusza, w romańskiej wieży spoczywa marszałek Józef Piłsudski, przeniesiony tutaj z krypty św. Leonarda, gdzie pierwotnie był pochowany. Marszałkowi zgodnie z jego wolą towarzyszy gliniana urna z ziemią z grobu matki Marii z Bilewiczów Piłsudskiej, pochowanej podobnie jak serce marszałka na wileńskiej Rossie. Na ścianach znajdują się tablice komemoratywne żołnierzy, a w narożu – popiersie naczelnika wykonane przez Konstantego Laszczkę. Kryptę zamyka ażurowa krata z herbami Polski i Litwy oraz herbem rodu Piłsudskich – Piłsudski (odmiana herbu Kościesza).
W przedsionku tej krypty, w sarkofagu po lewej stronie pochowany jest prezydent Lech Kaczyński z żoną Marią, którzy zginęli w katastrofie lotniczej w Smoleńsku 10 kwietnia 2010.