Twórcy zapowiadają, że przejście całej gry zajmie graczowi przynajmniej 10 godzin na normalnym poziomie trudności, przy atakowaniu wroga bez skradania się i zakładania pułapek. Używając innych taktyk, na podniesionym poziomie trudności, czas gry wydłuży się prawdopodobnie do 20 godzin. Gracz, który będzie chciał poznać cały świat gry, będzie używał taktyk skradania i ukrywania się, a także zastawiania pułapek, przy najwyższym poziomie trudności, spędzi przy Crysis minimum 25 godzin. Fabuła składa się z 11 misji podzielonych na trzy główne etapy gry.

W pierwszym etapie gracz walczy z żołnierzami armii Korei Północnej, która w 2020 roku jest jednym z najsilniejszych państw na świecie. W drugim etapie działania skupiają się na walce z obcymi, którzy rozpoczęli kolonizację Ziemi. Rozgrywka na tym etapie gry dzieje się wewnątrz statku kosmitów, w przestrzeni pozbawionej grawitacji. W trzecim etapie akcja nadal toczy się na archipelagu wysp, częściowo skutym lodem – na wyspie pojawiła się olbrzymia kula wewnątrz której temperatura wynosi 200 stopni poniżej zera. Wewnątrz niej nie ma prawa przetrwać żaden człowiek, a Nomad i Prorok przeżywają tylko dzięki specjalnym właściwościom nanoskafandrów.