Podstawą do klasyfikacji chemokin jest liczba i wzajemne położenie dwóch pierwszych cystein znajdujących się przy końcu łańcucha aminowego. Wszystkie chemokiny mają przynajmniej 2 cysteiny, a wszystkie oprócz dwóch (XCL1, XCL2) mają przynajmniej cztery cysteiny. Wyróżnia się 4 główne podrodziny chemokin (w nawiasie nazwy wg dawnej klasyfikacji): C, XC (γ-chemokiny) CC (β-chemokiny) grupa MIP grupa MCP CXC (α-chemokiny) ELR CXC nie-ELR CXC CX3C (δ-chemokiny)
Wszystkie te białka wywierają swoje działanie biologiczne przez interakcję ze sprzężonymi z białkiem G przezbłonowymi receptorami, które nazywamy receptorami chemokin i które występują na powierzchni specyficznych komórek efektorowych.
Nomenklatura nazw chemokin i nazw receptorów chemokin wywodzi się bezpośrednio z ich klasyfikacji. Chemokiny uzyskują nazwę po dodaniu do nazwy podrodziny litery L (od Ligand) i kolejnej liczby np. CCL4, a receptory po dodaniu litery R (od Receptor) i kolejnej liczby np.